Identificación de variantes en el genoma viral de SARS-CoV-2 por medio de secuenciación masiva en paralelo y su correlación con desenlaces clínicos de COVID-19: Vigilancia epidemiológica del comportamiento genómico y clínico en los epicentros de la pandemia en Colombia.
Objetivo:
Objetivos específicos:
¿Qué busca el proyecto?
De lograrse la asociación de las variantes identificadas en el genoma viral de SARS-CoV-2 con los diversos comportamientos y desenlaces clínicos del COVID-19, se podrá mitigar la imprevisibilidad de la historia natural de la enfermedad, estimar la tasa de infectividad, y de esta manera instaurar vigilancia y tratamiento temprano, a aquellos pacientes que han sido infectados por los linajes que porten estas particularidades en sus genomas. Adicionalmente, los resultados obtenidos reflejarán una aproximación al panorama del comportamiento epidemiológico y clínico de la pandemia en el país. Podrán eventualmente ser de utilidad en la toma de decisiones sobre estrategias de prevención primaria (p.ej. desarrollo y evaluación de impacto de vacunas candidatas) y secundaria (pruebas de tamizaje, biomarcadores de severidad, estrategias de profilaxis) para infecciones futuras por este virus.
Grupo de investigadores
Ángela María Ruiz, MD, MSc
Médica Ginecóloga, Epidemióloga Investigadora principal
Ángela María Pinzón, MD, MSc, PhD
Médica Salubrista Co-Investigadora
Juan Mauricio Pardo, MD
Médico Especialista en Medicina Interna y Cuidado Intensivo Co-Investigador
Ludwig L. Albornoz, MD
Médico Anatomo Patólogo, Patólogo Clínico Co-Investigador
Mauricio Chaparro Solano, MD, MSc
Médico Genetista, Epidemiólogo Co-Investigador
Marcela Gálvez, MD, MSc
Médica Genetista Co-Investigadora
Andrés Zapata QF, MBA
Químico Farmacéutico Co-Investigador
Estado de ejecución del proyecto
Se ha reclutado la totalidad de la muestra (n=1000). Se han preparado 779 librerías genómicas de las cuales se han secuenciado 422 casos, 386 de ellos con secuencias evaluables (adecuados parámetros de calidad en términos de cobertura y profundidad).
Las variantes de tipo missense (53,6%) y sinónimas (37,4%) son las más frecuentes en la población de estudio, mientras que las variantes de pérdida de función son las menos frecuentes, de acuerdo a lo esperado.
El gen ORF1ab tiene mayor frecuencia de variantes, en relación con su gran tamaño; sin embargo, los genes ORF8 y N son los que más variaciones genéticas presentan cuando se analiza la tasa de variantes ajustado por Kb. Por el contrario, los genes con menor número de cambios genéticos ajustado por Kb son el gen S y el ORF1ab.
Se han identificado 16 nuevos linajes, no reportados previamente en Latinoamérica
Investigadora Ángela María Ruiz explica el proyecto SECOV, seleccionado en la convocatoria de MinCienciatón del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación.
Se espera que esta investigación pueda contribuir al desarrollo y evaluación de vacunas, de pruebas de tamizaje, de marcadores de severidad de la enfermedad y a orientar decisiones de salud pública.
Dentro de los contextos educativos actuales de la educación superior, existen una serie de determinantes socioculturales que han alterado los factores motivacionales intrínsecos de los alumnos.
Instituciones aliadas
La Universidad del Rosario es la insitución ejecutora del proyecto. Por otra parte, Méderi, la Fundación Valle del Lili y Gencell Pharma son las instituciones aliadas.
Aliados
El proyecto fue seleccionado por medio de la MinCienciatón, invitación número 1015 del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación
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